Основан в 1824 году как военное укрепление Кокчетав. Первоначально был казачьей станицей.
С конца 1824 года становится центром внешнего округа Омской области.
С 1854 года окружной центр Области Сибирских Киргизов.
С 1868 года окружной центр Акмолинской области.
С 1919 года уездный центр Омской губернии.
16 марта 1944 Указом Президиума Верховного Совета Казахской ССР была создана Кокчетавская область и Кокчетав стал областным центром.
7 октября 1993 года Постановлением Президиума Верховного Совета Республики Казахстан город Кокчетав был переименован в Кокшетау[6].
Весной 1997 года, когда Кокшетауская область была упразднена, город был лишен статуса областного центра.
8 апреля 1999 года после изменения административного устройства Акмолинской и Северо-Казахстанской областей Кокшетау стал областным центром изменённой в границах Акмолинской области.