В этом городе, помимо людей и домов, живут животные.
Выделяется, потому что помимо = кроме.
PS: у Вас в предложении речевая ошибка! Вы людей и домов объединили словом живут. Дома жить в городе не могут, они могут стоять!))
Предлагаю такой вариант: В этом городе, помимо людей, живут животные и стоят дома.