Алый и красный,действительно, синонимы. Но "красный"из уст толпы Зурбагана и трактирщика звучит как-то насмешливо и даже враждебно; "алый" используют в своей речи Ассоль, Грей и другие положительные персонажи феерии, значение этого слова возвышенно и романтично, прекрасно, как сама история об алых парусах.
Это противопоставление словно разделяет людей, верящих в чудеса, и толпу,смеющуюся над мечтой.