Главными органами выделения и водно-солевого обмена у рыб являются развитые туловищные почки. Водно-солевой баланс в организме регулируется в строгом соответствии с водно-солевым балансом во внешней среде.
Водная среда и ее постоянный контакт с поверхностью тела рыб позволяют им осуществлять выделение метаболитов, водно-солевой обмен с помощью дополнительных выделительных поверхностных участков тела (жабер, кожи). Почки рыб, обитающих в соленой воде, выделяют воду и удерживают соли, у пресноводных почки, наоборот, выделяют излишки солей и при необходимости задерживают воду.
У некоторых рыб (особенно акул) строение женской половой системы таково, что оказывается возможным яйцеживорождение (зрелое яйцо не выделяется наружу, а развивается в заднем конце яйцевода так, что из материнского организма выходит сформированная личинка) и даже живорождение (стадия яйца отсутствует оплодотворенная яйцеклетка развивается в стенке заднего конца яйцевода - «матке»). У некоторых акул в этом месте имеется плацента, т. е. орган, связывающий зародыш с материнским организмом.
Вода идеальная среда для оплодотворения (встречи и слияния половых клеток), поэтому внешнее оплодотворение у рыб вполне закономерно. Большинство из них размножается икрой. Икринка — это яйцеклетка с тонкой полупроницаемой внешней оболочкой, через которую осуществляется обмен веществ в водной среде.