Протоны в ядре атомов взаимодействуют благодаря так называемым "слабым силам" слабые силы гораздо сильнее электромагнитных но действуют на очень малых расстояниях.
В химических реакциях участвуют только электроны число электронов равно числу протонов, следовательно число нейтронов (изотоп) не влияет на химические реакции.