Впадают реки Каратал, Аксу, Лепсы, кроме того, озеро подпитывается грунтовыми водами. Берущая начало на склонах Джунгарского Алатау. Река Каратал является вторым по значимости притоком озера Балхаш. Годовая разница в притоках западной и восточной частей озера составляет 1,15 км³ В результате таяния ледников!