На женском экземпляре Кукушкина льна образуется женская половая клетка - яйцеклетка, а на мужском - сперматозоид. Затем, в водной среде происходит слияние этих гамет. В результате образуется зигота. Из зиготы развивается споры, а затем из споры образуется предросток, из которого через некоторое время вырастет новое взрослое растение.