Как у ланцетников у них нет чешуи;
также нет парных конечностей;
вместо позвоночника имеется хорда (спинная струна), которая из-за образования хрящей обрела бо́льшую твёрдость, чем хорда у ланцетников, а также имеет зачатки позвонков, но настоящий позвоночник ещё не развит
Бесчелюстные отличаются отсутствием челюстей, однако у них имеется развитый череп, что отличает их от бесчерепных. Строение жабр в виде пузырей, в то же время жабер больше, чем у современных рыб, т.к. в процессе эволюции часть из них видоизменилась в челючти и другие структуры костного черепа.