Это же верно и для камней, ягод и подобных смесей мелких предметов разных размеров.
Если до встряхивания мелкие ягоды были выше крупных, то при встряхивании мелкие проваливаются в промежутки между крупными и оказываются ниже крупных. Крупные же никуда провалиться не могут.
Такая же система и с яблоками.