Єнісей відноситься до річок змішаного живлення. Замерзання Єнісею починається в низов'ях (початок жовтня). Для Єнісею характерне інтенсивне утворення шуги і осінній льодохід.Для більшої частини Єнісею характерна розтягнута весняна повінь і літні паводки. За величиною стоку Єнісей займає перше місце серед річок Росії.