Во время Северной войны по приказу Петра I собор использовался как склад амуниции и боеприпасов, а после взрыва в 1710 году был значительно разрушен.
Софийский собор на гравюре Наполеона Орды (XIX век)В XVIII веке благодаря полоцкому архиепископу Флориану Грибницкому известный зодчий Ян Криштоф Глаубиц отстроил Софийский собор в стиле виленского барокко.