Семя - многоклеточное, спора - одноклеточная.
В споре нет запаса питательных веществ и зародыша, а в семени есть и то, и другое.
Семя покрыто семенной кожурой, а спора всего-навсего оболочкой.
Таким образом будущее поколение растений в семени защищено лучше, поэтому семенные растения преобладают над споровыми по видовому разнообразию.