До сих пор продолжаются споры о том, является ли эта симфония действительно незавершенной, или Шуберт полностью воплотил свой замысел в двух частях вместо общепринятых четырех. Две ее части оставляют впечатление удивительной цельности, исчерпанности. Это позволило некоторым исследователям утверждать, что композитор и не предполагал продолжения, так как воплотил свой замысел в двух частях. Однако сохранились наброски партитуры третьей части, по каким-то причинам оставленные в эскизе. Более того, среди музыки к пьесе «Розамунда», написанной в тот же период, существует антракт, написанный также в си миноре — тональности крайне редко употреблявшейся, — и по характеру имеющий сходство с традиционным симфоническим финалом. Некоторые исследователи творчества Шуберта склонны считать, что этот антракт вкупе с набросками скерцо и составляет обычный четырехчастный цикл. Тематических связей с Неоконченной в этом антракте нет, поэтому нельзя утверждать с уверенностью, что он должен был стать финалом симфонии. В то же время в эскизах третьей части такие связи просматриваются. Пожалуй, наиболее вероятным кажется мнение, также высказанное на страницах посвященных Шуберту книг: он собирался писать обычную четырехчастную симфонию, но, в отличие от песни, в которой был полновластным, уверенным в себе мастером, в симфоническом жанре уверенным себя не чувствовал. Ведь ему до сих пор не удалось услышать ни одной из своих симфоний в профессиональном оркестровом звучании. И быть новатором он вовсе не стремился: его идеалом, к которому он мечтал приблизиться, был Бетховен, что и доказала следующая, Большая симфония до мажор. А написав эти две части, он мог просто испугаться — настолько они не были похожи на все, написанное в этом жанре до него.