Экологические проблемы Аральского моря в первую очередь связаны с практически полностью прекратившимися поставками воды из рек-доноров. Эти воды разбираются для орошения сельскохозяйственных земель. А Арал в таких условиях начал мелеть. В результате обнажилось дно, покрытое слоем соли.
Но на этом экологические проблемы Аральского моря не ограничиваются. Кроме обычной морской соли в отложениях моря значительную часть занимают удобрения и ядохимикаты (в частности пестициды) смытые реками в озеро. Они так же поднимаются в воздух, что негативно сказывается на здоровье населения.
Сейчас активно идет восстановление Малого Арала: построена дамба, позволяющая удержать сток реки в одном бассейне, там восстанавливается фауна, уже организован промышленный вылов рыбы.