1. Боевики бежали сначала по двое, по трое, с шумом и треском проносясь по заросшей кустами старинной тропе. — по двое - это числительное, синтаксическая функция - обстоятельство (образа действия)
2. Мышкин сам не смог бы толком объяснить, почему его потянуло сунуть её в ручную кладь и потащить с собой в самолёт. — ручную - это прилагательное, синтаксическая функция - определение
3. С начала лета он ночевал на солдатском топчане в пристройке под старой плодовитой яблоней. — начала - это существительное, синтаксическая функция - обстоятельство (времени)