Выделенные части в словах - приставки. (с - союз, ч - частица)
Девочкой она ничем не (ч) выделялась в толпе коричневых гимназических платьиц: что можно было сказать о ней, кроме того, что (с) она из числа хорошеньких, богатых и (с) счастливых девочек, что (с) она способна, но (с) шаловлива и (с) очень беспечна к тем наставлениям, которые ей делает классная дама? Затем она стала расцветать, развиваться не (ч) по дням, а (с) по часам.
…Незаметно стала она девушкой, и (с) незаметно упрочилась её гимназическая слава, и (с) уже пошли толки, что (с) она ветрена, не (ч) может жить без поклонников, что (с) в неё безумно влюблен гимназист Шеншин, что (с) будто бы (ч) и (с) она его любит, но (с) так изменчива в обращении с ним.
Примечание: в первом предложении в фразе "что можно было сказать о ней" что не является подчинительным союзом. Это местоимение.