В водоемах водоросли образуют органические вещества. Синтезируемый водорослями органический углерод на планете составляет около 80%. Планктонные формы водорослей представлены кормом для многих беспозвоночных животных и рыб. Кроме корма для некоторых видов животных водоросли, а точней их заросли, являются укрытием. В водной среде водоросли продуцирует кислород, который так необходим для дыхания животного подводного мира, а также для жизнедеятельности аэробных бактерий, грибов и других организмов. Водоросли являются хорошими утилизаторами органических соединения, солей тяжелых металлов и радионуклидов, которые находятся в водной среде и наносят вред всему подводному миру.
При отсутствии органического вещества на поверхности скальных пород, промышленных отвалов и других подходящих субстратов, заселяются микроорганизмы одноклеточных водорослей и бактерий. Таким образом, накапливаются органические вещества. Водоросли обитающие на почве и в почве повышают ее плодородие. Например, азотофиксирующие сине-зеленые водоросли, или цианобактерии.