Различают несколько форм взаимодействия аллельных генов. Во-первых, полное доминирование — явление, которое заключается в том, что один аллельный ген полностью подавляет другой и проявляется в виде признака.
Во-вторых, неполное доминирование, выражающееся в том, что ни один из аллельных генов полностью не подавляет другой аллель
Третья форма взаимодействия аллельных генов — кодоминирование — совместное проявление обоих аллелей, которые не оказывают влияние друг на друга. Например, при определении групп крови у человека (система АВ0) ген IА обусловливает развитие II (А) группы, а ген IB образует антиген (агглютиноген) В, расположенный на эритроцитах у лиц с III (В) группой крови. Находясь в одном генотипе (IA IB), они определяют VI (АВ) группу крови и наличие на эритроцитах обоих антигенов А и В.
Наконец, сверхдоминирование — явление, лежащее в основе гетерозиса (эффекта гибридной силы). Гетерозиготы, генотип которых содержит два разных аллеля (Аа), проявляют повышенную жизнеспособность и плодовитость, несравнимую с гомозиготными организмами (АА и аа).