Обычный античный Музей – храм или святилище муз, дочерей Зевса и богини памяти Мнемозины, покровительниц искусств и наук: муза истории – Клио, муза лирической поэзии – Евтерпа, муза комедии и радостной поэзии – Талия, муза трагедии – Мельпомена, муза танцев и музыки – Терпсихора, муза эротической поэзии – Эрато, муза эпической поэзии – Полигимния, муза Астрономии – Урания, муза красноречия – Каллиопа. Из этого списка видно, что только две музы были покровительницами науки: Клио олицетворяла собой историю и вообще гуманитарные науки, а Урания – астрономию и вообще естественные науки. Храмы, посвященные или всем музам, или одной из них, были во многих частях Греции.
Формально святилищем муз считалась и Академия Платона.
Все святилища муз были превзойдены александрийским Музеем. Он был частью царских дворцов, группой зданий, предназначенных для научных занятий и для проживания ученых, формально считаемых служителями муз. Но культу муз служил лишь один из них, другие же занимались науками. Эти ученые имели общую собственность и содержались государством.
Дело организации александрийского Музея, начатое Птолемеем I, было продолжено его сыном – Птолемеем II Филадельфом. Им помогали философы Деметрий Фалерский и Стратон.
Александрийский Музей продолжал действовать при всех Птолемеях, а затем при римлянах, когда ученые получали жалованье от римского наместника. Но после середины II в. н. э. Музей утратил свое значение как центра наук из-за соперничества Афин, Родоса, Антиохии, Рима и Константинополя и из-за политических неурядиц. Император Адриан (годы правления 117 – 138) пытался оживить Музей, но безуспешно. В 270 г. н. э., в конце смутного для Римской империи периода «Тридцати тиранов», Музей был разрушен, но затем восстановлен. Позднее александрийский Музей прославили философ Теон (вторая половина IV в. н. э.) и его дочь Ипатия (первая половина V в. н.э.), убитая христианами в 415 г. н. э. После убийства Ипатии Музей заглох – в новой, христианской Александрии языческая академия не могла существовать. Её заменили христианские высшие школы, возникшие вскоре в крупнейших городах Византийской империи