Во-первых, в основном, благодаря такому явлению, как горизонтальный перенос генов. Он характерен только простейшим (бактериям). Бактерии обладают особыми, отделёнными от основной кольцевой ДНК плазмидами - малыми кольцевыми ДНК, в основном несущие гены устойчивости к неблагоприятным условиям и антибиотикам, которыми они могут обмениваться друг с другом.
Во-вторых, при неудачном заражении бактерий вирусами - часть ДНК разрывается, её приходиться сшивать (репарировать) что часто сопровождается ошибками, а результат - новый ген.
И третий случай - действие мобильных элементов, вызывающее рекомбинацию. Есть и такие участки генома. Но это происходит реже всего.