Из названия следует, что голосеменные имеют семя, которое ничем не защищено, в то время как у покрытосеменных оно покрыто и защищено.
Если подробнее:
Голосеменные опыляются самоопылением, в то время как покрытосеменные при помощи насекомых;
Голосеменные не имеют плодов и цветков (ШИШКА, ЕСЛИ ЧТО, НЕ ПЛОД, А ВИДОИЗМЕНЁННЫЙ ПОБЕГ!), а у покрытосеменных они есть.
Голосеменных примерно 800 видов, а покрытосеменных -- более 350 тысяч.