В течение 30 лет Песталоцци жил в изоляции в своем имении Нойхоф, много писал на образовательные, политические и экономические темы, указывая пути улучшения жизни бедных. Его предложения игнорировались его соотечественниками, и он становился все более подавленным. Он бы принял должность советника по вопросам образования в любой точке Европы, если бы он был готов. Его основной философский трактат «Meine Nachforschungen über den Gang der Natur» в «Entwicklung des Menschengeschlechts» (1797; «Мои исследования хода природы в развитии человечества») отражает его личное разочарование, но выражает твердую веру в ресурсы человека. природа и его убеждение, что люди несут ответственность за свое моральное и интеллектуальное состояние. Таким образом, Песталоцци был убежден, что образование должно развивать способности человека думать самостоятельно.
Шанс Песталоцци действовать начал после Французской революции, когда ему было более 50 лет. Французская Гельветическая Республика в Швейцарии пригласила его организовать высшее образование, но он предпочел начать с самого начала. Он собирал десятки нищих военных сирот и заботился о них почти в одиночку, пытаясь создать семейную атмосферу и восстановить их моральные качества. Эти несколько изнурительных месяцев в Штансе (1799 г.), согласно собственному рассказу Песталоцци, были самыми счастливыми днями в его жизни.
С 1800 по 1804 год он руководил образовательным учреждением в Бургдорфе, а с 1805 по 1825 год - школой-интернатом в Ивердоне, недалеко от Невшателя. Обе школы полагались на средства платных учеников, хотя некоторые бедные дети были приняты, и эти институты служили экспериментальной базой для проверки его метода в трех его ветвях - интеллектуальном, моральном и физическом, причем последнее включает профессиональное и гражданское обучение. Они также должны были финансировать «мечту» его жизни, индустриальную (то есть, бедную) школу. Институт Ивердон стал всемирно известным, привлекая учеников со всей Европы, а также многих иностранных гостей. Некоторые приглашенные педагоги, например, Фридрих Фребель, Дж. Ф. Хербарт и Карл Риттер, были настолько впечатлены, что они продолжали изучать метод и позже внедрили его в свое собственное обучение.
В то время как преданные помощники продолжали обучение, Песталоцци оставался сердцем и душой института и продолжал отрабатывать свой метод. Wie Gertrud ihre Kinder lehrt (1801; как Гертруда учит своих детей) содержит основные принципы интеллектуального образования: то, что врожденные способности ребенка должны развиваться, и что он должен научиться думать, постепенно переходя от наблюдения к пониманию к формированию ясного идеи. Хотя метод обучения рассматривается более подробно, Песталоцци считал моральное воспитание выдающимся.
Семейный дух, преобладающий в Ивердоне, был разрушен в последующие годы все более острым спором между учителями за первое место на стороне Песталоцци. Долгожданная бедная школа, созданная за счет выручки от публикации его собраний, просуществовала всего два года. К великому огорчению Песталоцци, Институт Ивердон потерял свою славу и своих учеников. Его усилия по примирению были напрасны. С несколькими учениками он отступил в Нойхоф в 1825 году, грустный, но убежденный, что его идеи в конце концов возобладают. Его «Шваненгесанг» (1826; «Лебединая песня») завершился утверждением «Жизнь сама воспитывает».
Песталоцци был впечатляющей личностью, высоко ценившейся современниками. Его концепция образования охватывала политику, экономику и философию, и влияние его «метода» было огромным.