Правильная
расстановка знаков препинания:
Новый агроном еще утром предупреждал, что приближается мощный грозовой фронт, и, что если не начать уборку
пшеницы, то она поляжет под дождем и сгниет.
Схема предложения:
[Новый агроном еще утром предупреждал], что (мощный грозовой фронт), и, что (если не начать уборку пшеницы), то [она поляжет под дождем и сгниет].