Вскоре после начала Американской войны за независимость в первых числах июня 1775 Джефферсон был избран во Второй континентальный конгресс, заседавший в Филадельфии. Когда последний в июне 1776 рассматривал резолюцию о провозглашении независимости, было решено создать комитет по подготовке сопроводительной декларации. Джефферсон был избран его главой, помимо него, в комитете было ещё четыре человека: Джон Адамс, Бенджамин Франклин, Роджер Шерман и Роберт Р. Ливингстон. На одной из встреч комитета остальные члены единогласно попросили Джефферсона написать первоначальный вариант декларации самому, так как Джефферсон был хорошо известен как писатель. Кроме этого, никто из членов комитета не считал это особенно важным. Консультируясь с остальными членами комитета, Джефферсон написал первый вариант декларации, использую как образцы, в частности, написанную Джорджем Мейсоном Декларацию прав человека Виргинии, присланные государственными чиновниками и населением проекты и собственный проект Конституции Виргинии.
После внесения некоторых изменений Комитетом проект был представлен в Конгресс 28 июня 1776. 2 июля Конгресс, проголосовав за независимость, стал рассматривать Декларацию. После двухдневных дебатов из Декларации была удалена почти четвёртая часть текста, в том числе критика рабства и работорговли, что особенно возмутило Джефферсона, который был противником рабства, несмотря на то, что сам использовал рабский труд на своих плантациях. Впрочем, получившийся вариант был утверждён Конгрессом 4 июля 1776. Сейчас 4 июля — главный праздник США, День Независимости, а преамбула Декларации, принёсшая наибольшую известность Джефферсону, является самым известным текстом о правах человека.