Если выражаться простым языком, то эта фигня нужна для того, чтобы выразить наше сожаление к чему-либо.
Wish - переводится как "к сожалению", а if only как "если бы я не...".
В первом случае с past simple мы сожалеем о том, что видим сейчас и можем изменить в будущем или настоящем.
Пример: I wish I had a flat of my own - к сожалению у меня нет своей квартиры. Но я могу это изменить и приобрести ее, поэтому пишется wish. Вот ещё пример: I wish I had a cat - к сожалению у меня нет кошки. Но она может появится, поэтому wish.
Во втором случае с past perfect мы сожалеем о том, чего уже нельзя изменить, ведь это произошло в прошлом.
Пример: If only I hadn’t twisted my ankle - если бы я только не вывернул свою лодыжку. Я никак не могу изменить это, ведь это произошло в прошлом. Ещё пример: If only I hadn’t spent all my money - если бы я только не потратил все свои деньги. Это произошло в прошлом, и потраченные деньги никак не вернуть. Поэтому if only.
Надеюсь все понятно :)