Он любил играть на подоконнике с мухами, мурлыкая и жмурясь.
Запятыми обособлены одиночные деепричастия "мурлыкая" и (союз) "жмурясь".
Данные деепричастия относятся к глаголу " любил играть". Они обозначают добавочное действие к глаголу. Главный глагол "любил играть" , а то, что кот еще мурлыкал и жмурился ("мурлыкая" и "жмурясь", как мы знаем, деепричастие— это особая форма глагола) во время игры — это и есть добавочное действие к глаголу, которое как бы идет вместе с главным действием.