Высокая степень антропогенной нагрузки на Москва-реку превышает природные возможности ее биологического самоочищения. В связи с этим отмечается резкое ухудшение экологической обстановки не только в Москворецком бассейне, но и в бассейне реки Оки.
То, что творится на дне московских рек, скорее всего напоминает картинки из фильмов ужасов. Захламление русла бытовыми и промышленными отходами - железным ломом, кабельными катушками, остатками арматуры - еще не самое страшное. Главную опасность представляют сами донные отложения. Они напоминают слоеный пирог многометровой толщины. Отдельные слои - такие же плотные, как асфальт. Не исключено, что под ними сконцентрировались газы. И это чревато даже взрывом. Самые опасные места - устье реки Яузы, затон ЗИЛа, Курьяновские сливы.
Вообще, по данным Департамента природопользования и охраны окружающей среды правительства Москвы, городу в целом не хватает 109 очистных станций.