В условиях иностранной интервенции патриарх и большинство духовенства проводили последовательную политику на сохранение православной государственности, русских народных традиций и культуры. В отсутствие светской власти народом стали руководить вожди духовные. Церковь противодействовала проникновению католичества в Россию и захвату российского престола иноземцами и иноверцами.
В период Смутного времени святитель Иов фактически первый возглавил противостояние русских польско-литовским захватчикам, еще в 1603 г. на церковном соборе монахи Пимен и Венедикт изобличили самозванца, он был признан еретиком. По городам рассылались грамоты о «воре» .
Церковь выступала мощной духовной и экономической опорой царя в трудные годы военных действий. 13 апреля 1605 г. Патриарх Иов, отказавшийся присягнуть Лжедмитрию I, был низложен и затем на своё место благословил митрополита Казанского Гермогена.
Когда в 1610 г. после ряда поражений царской армии и измены шведов был свергнут и пострижен в монастырь царь Василий Шуйский, к власти пришло боярское правительство во главе с Ф. И. Мстиславским. Бояре снова выступили за приглашение королевича Владислава. Однако, патриарх Гермоген, противившийся свержению Шуйского, настаивал на избрании или князя Голицына, или Ф. Романова.
Заключение договора и сдача Смоленска тяжело подействовало на народ, которому церковь говорила о причастности польской короны и "латинства проклятого" к бедствиям Российского государства. Политика "семибоярщины" вновь оживила миф о добром сыне Ивана Грозного, о Дмитрии. Часть паствы повернула в сторону тушинского самозванца.
Боясь волнений "черни", бояре решились на ввод польско-литовских войск в столицу. На протест патриарха Гермогена ему указали, чтобы он смотрел за церковью и ни во что не вмешивался. Предательство боярами государственных и церковных интересов явилось мощным толчком к делу формирования вооруженного ополчения уже на земской основе. Российские города стали ссылаться и объединяться для борьбы "за православную веру и свои души".
Святитель Гермоген благословил "вооружение против поляков". Народно-освободительное движение в России набирало силу. Используя церковные силы, патриарх Гермоген открыто выступал и рассылал грамоты, освобождая православных от присяги Владиславу. Опорой его стали города. В Рязани стало формироваться ядро первого ополчения во главе с Прокопием Ляпуновым и в марте 1611 г. восставшие подошли к столице.
Позиция церкви и духовенства была тесно связана с патриотическим подъёмом. В отписках и грамотах от имени городских миров обязательно присутствовали имена священников.
В период битвы ополченцев под Москвой появилась "Повесть о видении человеку благочестивому в Нижнем Новгороде Григорию". Григорий будто бы слышал, что нужно держать покаянный трёхдневный пост по очищении Москвы надлежит воздвигнуть храм близ Василия Блаженного.
Духовенство, особенно монастыри, разными способами поддерживали освободительное движение. Многие монастыри стали центрами сопротивления интервентам. Из них особенно выделились: Ипатьевский, Пафнутьевский, Кирилло-Белозерский монастыри. Осада подмосковной Троице-Сергиевой лавры длилась целых 16 месяцев.
Сведения об участии духовенства в действиях второго ополчения немногочисленны. Большое влияние на дело освобождения оказывал протопоп Спасского собора Савва Ефимьев, стоявший во главе духовенства. Царскими грамотами ему было предписано сурово наказывать "ослушников".
Прочную позицию поддержки московских властителей и борцов со Смутой занимали настоятели Печерского монастыря Трифон и Феодосий. Последний выезжал с посольством к князю Пожарскому. Они вместе с протопопом Саввой участвовали в воеводском совете, где выступал Минин и было принято решение о создании ополчения. Феодосий подписал грамоту об избрании на царство Михаила Романова.
В 1612 г. Русская Православная Церковь в честь освобождения Москвы и России от поляков установила празднование иконы Казанской Божией Матери 22 октября (4 ноября) .