Живые организмы в ходе биологического круговорота активно взаимодействуют с веществом других оболочек Земли и изменяют его. Растения сформировали современный газовый состав атмосферы и пополняют её кислородом и водяным паром. Леса очищают атмосферу от вредных газов.
Живые организмы преобразуют и земную кору. При их участии сформировались почти все осадочные горные породы. Часть из них представляет собой остатки некогда живших организмов. Другие горные породы возникли в результате выветривания, которое протекает при участии живого вещества. Живые организмы очищают воды суши и Мирового океана. Кроме того, они поддерживают солевой состав океанической воды, сохраняя его постоянство.