1. Надо признаться(вводное, чувство), это меня ошеломило. Основа: это ошеломило
2. Кстати(вводное), копирование документов запрещено. Основа: копирование запрещено
3. [Конечно же(вводное, бОльшая степень уверенности), он ясно видел], (что я недоволен заданием), (что задание представляется мне странным и, мягко выражаясь, нелепым). Основы: главное: он видел, 1-е придаточное: я недоволен
2 -е придаточное: задание представляется странным и нелепым
[Однако(=но) по каким-то причинам он не мог мне сказать больше], (чем он сказал). Основа главного: он не мог сказать, придаточного: он сказал
4. Как я и ожидал(вводное, уверенность), в папке не было ничего, кроме документов. не было
Первым моим побуждением было засунуть всю эту груду бумаг в стол, но я, разумеется(вводное, бОльшая степень уверенности), вовремя спохватился. Основы: было побуждением; я спохватился
5. Впрочем надо сказать (вводное, порядок мыслей), в своём отношении к теоретикам я не оригинален. Основа: я не оригинален
К счастью (вводное, чувство), мне достаточно редко приходится иметь дело с людьми этой профессии. Основа: приходится иметь
6. Выходит(вводное, вывод, итог), шеф интересуется главным образом неким Тристаном. Основа: шеф интересуется
[Ради него он поднялся сегодня в несусветную рань и не постеснялся поднять с постели Слонова], (который, как известно (вводное, источник сообщения), ложится спать с петухами). Основа главного: он поднялся и не постеснялся
Основа придаточного: который ложится спать