Главная причина в том что меняется отношение сил, которые действуют на тело, которое колеблется.
Возьмем пускай пружинный маятник. Сначала на него действует сила тяжести и сила Гука, но потом под действием этих сил маятник сдвигается и распределение сил меняется. Сила Гука меняется,а сила тяжести такая же. Имея ma=F1+F2+F3...
ma=mg+kx и здесь переменная только x, соответственно меняется ускорение а.
Аналогично и с другими колебаниями.