Pascal неприятен тем, что не дает сравнивать без учета регистра(переводить все в верхний/нижний регистр тоже не вариант), поэтому так:
program test;
uses crt;
const
st1='ba';
st2='Ba';
var
str:string;
i,n:integer;
begin
clrscr;
write('Input string: ');readln(str);
for i:=1 to length(str) do
if (st1=copy(str,i,2)) or (st2=copy(str,i,2)) then
n:=n+1;
writeln(n);
end.