[Все хорошо в природе], но [вода -красота всей природы].
Предложение сложное, две основы, сложносочинённое. В сложном предложении между простыми предложениями ставим запятую.
[вода -красота всей природы].
Во втором простом предложении подлежащее и сказуемое выражены существительными в им.п. В таком случае между ними ставится тире
вода- сущ. им.п.
красота - сущ. им.п.