При этом следует иметь в виду, что в наследованных от Карла V странах Филипп II создал чрезвычайно дорогостоящую военную инфраструктуру, призванную стратегически объединить на долгий срок отдельные части империи. Четырежды — в 1557, 1560, 1575 и 1596 годах — Филипп II был вынужден объявлять о неплатежеспособности государства. Истощение финансов представляется тем более драматичным при небывалом росте доходов во время правления Филиппа, которые, впрочем, так и не сравнялись с расходами. Экономика Испании, опиравшаяся главным образом на сельское хозяйство и производство, равно как и на торговлю шерстью и текстилем, хотя и переживала в результате роста населения в середине XVI века значительный подъем, все же попала в восьмидесятых годах в затяжной кризис. Испанская экономика была не в состоянии одна нести на своих плечах имперскую политику. Поэтому важность приобретали ресурсы итальянских и нидерландских владений и прежде всего ввозимые из Америки благородные металлы. Без этого архиважного финансового источника, поступления из которого Филипп сумел значительно увеличить, политические успехи короля до восьмидесятых годов просто немыслимы.
В общей сложности ввозимые благородные металлы дали ему примерно 65 миллионов дукатов, причем в конце правления он получал в год в двенадцать раз больше, чем в начале. Источником дополнительных нерегулярных доходов являлась также продажа должностей, главным образом на местном уровне, равно как и торговля дворянскими титулами. Регулярный годовой доход возрос приблизительно с 3 миллионов дукатов в 1559 году до более чем 10 миллионов дукатов в 1598 году. Налоговое бремя на среднего кастильского налогоплательщика за это время увеличилось примерно на 430 процентов. Огромные денежные суммы, поглощаемые политикой Филиппа, неоднократно расходовались за пределами Испании или попадали в карманы иностранных торговцев и банкиров. Попытки добиться в конце концов средне- и долгосрочного как экономически, так и общественно выгодного для Испании увеличения государственных источников доходов неоднократно стояли в центре повседневных государственных забот короля и часто непосредственно воздействовали на актуальные внутри- и внешнеполитические решения Филиппа.
Как и во внешней политике, сфера внутриполитических проблем тесно переплеталась с религиозно-церковными и культовыми интересами. С начала правления Филипп развил активную деятельность против всех, попавших под подозрение, будь то лютеране или реформисты. Еще отец наставлял его, как во всей Европе середины столетия ослабить старания по примирению сторонников старой веры с реформистами и навязать соответственно собственное вероисповедание подданным нового поколения правителей на их территориях. Испанская Инквизиция с 15 трибуналами была важнейшим средством сохранения католицизма, исключительность которого в Испании никогда серьезно не оспаривалась. Роль этого института в судьбе Испании Филиппа II зачастую переоценивается, и уж совершенно неоправданно здесь сравнение с аппаратами тотальных репрессий, возникшими в XX веке. Но, несомненно, деятельность Инквизиции оказала длительное воздействие на интеллектуальный климат в стране.