Название можно толковать по-разному.
Если рассматривал его буквально, то это те мертвые души, которые "висят" на имении для придания ему большей значимости.
Если рассматривать его метафорически, то Гоголь имел в виду мертвые души главных действующих лиц, которые погрязли в праздности, жадности и перестали заботиться о сохранности своей души. Поэтому они и мертвые.