Существует множество переложений токкаты и фуги. В частности, для фортепиано, гитары, электрогитары, баяна, струнного, джазового оркестра и других исполнительских составов. Также известны аранжировки а капелла.
Аранжировка начальной темы Токкаты и фуги ре минор, осуществлённая Полем Мориа, использовалась в заставке программы «Человек и закон» Первого канала с 2002 по 2012 годы.
Начало фуги, исполняемое на обычном фортепиано, было использовано в песне «Last Rites/Loved to Deth» с альбома «Killing Is My Business… and Business Is Good!» группы Megadeth.