Бактерии используют для очистки стоячих водоёмов, этот метод был разработан сравнительно недавно, но уже эффективно используется. На дно водоёма внедряют чистые культуры бактерий, там они начинают активно размножаться и расщепляют органические в-ва - загрязнители. Это является биологическим методом очистки, это дёшево и экологично и эффективно, эффект заметен уже через несколько месяцев. Также бактерии используются и для обеззараживания сточных вод ,этим методом можно достичь удаление запаха и обеззараживание стоков. Микроорганизмы, для этих целей выращиваются в специальных лабораториях. Бактерии выращиваются либо анаэробные либо аэробные микроорганизмы. Микроорганизмы можно применять даже при загрязнении водоёмов нефтепродуктами.