Официально Миссури начинается в месте
соединения рек Джефферсон и Мадисон в парке
штата Исток Миссури, вблизи городка Три-Форкс
(Монтана). Галлатин впадает в неё всего в 1,6 км
ниже по течению. Затем Миссури протекает через
водохранилище Каньон-Фэрри, к западу от части
Скалистых гор, известной как Большой пояс.
Спускаясь с гор вблизи городка Каскейд
одноимённого округа, река течёт на северо-восток
до города Грейт-Фолс , где она падает в виде
серии водопадов. После этого Миссури течёт на
восток, через живописный регион каньонов,
известный как Разломы Миссури. Здесь река
принимает левый приток Мариас, после чего
Миссури расширяется в виде водохранилища
Форт-Пек, в нескольких километрах выше от
места впадения в неё реки Масселшелл . Сразу
ниже водохранилища в Миссури с севера впадает
крупная река Милк .
Протекая в восточном направлении через
равнинные районы восточной Монтаны, Миссури
встречает приток Поплар, впадающий с севера
недалеко от пересечения рекой границы с
Северной Дакотой, где в Миссури встречает свой
наиболее многоводный приток — Йеллоустон,
текущий с юго-запада. В месте его впадения
Миссури на самом деле имеет меньший расход
воды, чем сам Йеллоустон. Далее река,
извиваясь, течёт далее на восток мимо города
Уильстон и образует водохранилище Сакакави,
сформированное дамбой Гаррисон.