Можно переделать несколькими способами:
1)Учёным были установлены основные свойства вещества с помощью исследования.
2)Исследуя это вещество, учёный установил его основные свойства.
3)Учёный, исследуя вещество, установил его основные свойства.
4)Учёный установил основные свойства вещества, исследуя его.
Смотрите, как вы решите, так и записывайте.
Ошибку могу объяснить тем, что слова склолнены неверно и речь звучит нескладно.
Думаю, вам понятно.
Если нет, то напишите в комментариях.