Почему Москва и Санкт Петербург стали городами федерального подчинения и субъектами...

Они слишком крупные по сравнению с остальными городами-миллионерами России. Для сравнения: в Москве живет 10 млн, в Питере - 4,5, а в 3 по счету городе-миллионере Новосибирске - всего 1,5.