Синтаксис и пунктуация изучаются одновременно, так как от строения предложения, способов связи в нем слов или частей этого предложения зависит расстановка знаков препинания и их выбор» - С.И. Львова, лингвист.
Синтаксис в русском языке — один из разделов грамматики и лингвистики. Это наука о сочетаемости слов друг с другом, о верном построении словосочетаний, предложений и выражений.
Конечно же, расстановка запятых и других знаков препинания в предложении зависит от смысла, который в это предложение вложен. Смысловое наполнение, которое хочет вложить в текст и донести до адресатов говорящий и пишущий человек, стоит на первом месте, а уж пунктуационные знаки под него подстраиваются.
По крайней мере, мое мнение по данному вопросу таково. Я считаю синтаксис первичным, потому что устная речь была первичной, а письменная со всеми пунктуационными знаками появилась у всего человечества позднее. Понимать, где надо ставить запятую, а где не надо, мы можем только опираясь на смысл, который передает нам предложение или словосочетание.
В книге «Детство» Максима Горького можно найти несколько ярких примеров этому. Автор, описывая постояльца Пешковых по прозвищу Хорошее Дело, употребляет перечисление его качеств, то есть приводит в тексте однородные члены предложения: молчаливый, незаметный. Черты характера человека перечисляются, как и положено, через запятую.
А вот в описании внешности этого же жильца «худощавый сутулый человек с добрыми глазами» нет запятых. Понятия, которыми автор рисует перед нами образ Хорошего Дела, в данном случае не являются однородными членами предложения. Они произносятся без интонации перечисления, хотя выполняют одну и ту же синтаксическую функцию и связаны со словом «человек».
Изучать синтаксис можно, используя разные научные подходы: компьютерный, психологический, когнитивный, стилистический, семантический, логический. Подход исследователя всегда стоит применить и к пунктуации.