1) Мастера с Булгаковым роднят некоторые неприятные эпизоды из жизни самого писателя, которые он перенес в роман. Например травля критиками (роман Белая гвардия и основанная на его базе пьеса Дни Турбиных), и в более общем случае, противостояние с государством, которое регулирует в том числе и культурную жизнь. Как например написание произведений "в стол", произведения написанные, но не опубликованные при жизни (Собачье сердце).
2) Общим для Мастера и Иешуа можно назвать жизненный путь, который ведет их к страданиям. Творчество Мастера навлекает на него разгромную критику и травлю, учение Иешуа ведет его к казни. Так же общим моментом двух героев является то, что оба были преданы людьми, которые были рядом с ними. Мастера оговорил Алоизий Магарыч, которого Мастер после не считал плохим даже оставшись бездомным и попав в клинику Стравинского. Он просто не видел в нем присутствия зла. Что сопоставимо с тем, что Иешуа предлагал называть абсолютно всех людей добрыми. А Иешуа был предан Иудой, о котором так же отзывался положительно.
3) Различие между героями в решимости пройти путь страданий до конца. Сломавшись под градом разгромных отзывов, пытаясь его остановить, Мастер сжег свой роман, а Иешуа не отрекшись от своих слов обрек себя на смерть.
4) У Мастера планомерная травля вызвала сначала непонимание, потом уныние и в конце концов состояние близкое к психическому расстройству. Его страхи обрели в голове даже некое образное выражение. Он описывал это, как присутствие какого-то страшного спрута поблизости. Единственным источником сил для него оставалось присутствие рядом Маргариты. Но ей необходимо было уходить. И ей пришлось уйти, когда состояние Мастера было особенно тяжелым. И после, с его слов, он лег спать заболевшим, а проснулся больным. И практически одновременно с заболеванием Мастера настигла еще одна беда, по вине Алоизия, которого он считал другом, Мастер лишился жилья.
5) Мастер осознавая свое состояние, как болезненное, дело дошло до того что его пугали даже самые обычные трамваи, и где-то услышав про клинику Стравинского просто пошел в нее пешком. Он мог бы замерзнуть, потому как зимой не имел теплой одежды кроме пальто, но по счастливой случайности его подобрал шофер задержавшийся в пути из-за поломки машины.
6) Клиника предстает символическим местом перерождения нескольких персонажей, которые по вине Воланда в нее попали, об этом рассказывается в эпилоге. Но в первую очередь - поэта Ивана Бездомного, который став первым свидетелем присутствия в городе Воланда, вошел в клинику плохим поэтом (...хороши ваши стихи? -ужасны.), а вышел совсем другим человеком, который станет профессором-историком. И откажется от кричащего псевдонима Бездомный, ради своей обычной фамилии Понырев. В своем роде это так же можно рассматривать, как не полный уход образа Мастера из романа после смерти. Потому как Мастер рассказывая Ивану в палате о своей жизни, говорит, что еще пару лет назад он был историком.