Кругообіг азоту і вуглецю в природі відбувається виключно завдяки бактеріям. При зародженні життя на планеті представники царства бактерій активно брали участь у формуванні біосфери. Колообіг енергії і речовини в природі забезпечують бактерії. Домінуючою роллю бактерій в біосферних процесах є створення і підтримка родючого шару грунту. Крім газових і окислювальних функцій, великого значення набувають геохімічні функції бактерій. Ферментативна активність і концентраційні функції впливають на геохімію планети.