Приставка "микро", означает малый,одну миллионную от целой части, ее используют для обозначения малых единиц измерения или чего-то крайне малого.
Скорей всего объяснить это можно так:
Микроорганизм – маленький организм;
микрорайон – часть района;
микроклимат – климат на небольшом участке земли в городе, в горах;
микротема – часть темы, все микротемы подчинены общей теме, раскрывают ее;
миктоавтобус - автобус,по размерам меньше обычного.
как-то вот так)