Начинает свой путь река Колыма недалеко от верховьев реки Кохтуя, рядом расположен Становой Хребет. Течение реки направлено в это время в северо-восточном направлении, так продолжается до соединения с рекой Шумихой. После этого направление движения постепенно меняется и река уже течет на северо-восток.
Путь реки в это время довольно извилист и непостоянен, но в целом она выдерживает данное направление пока не входит в урочище Веткина, здесь Колыма начинает делать еще большие повороты, постепенно отворачивая на юго-восток, так движется несколько километров и потом вновь принимает северное направление. Река движется не строго на север, движение её часто меняется в сторону северо-запада, то северо-востока. Так она минует город Средне-Колымск, по всей длине русла делая множество поворотов и изгибов, огибая неровности рельефа местности.
На всем протяжении своего пути река носит извилистый характер, образовывая по дороге большое количество проток. Одной из них, носящая название Шимановской протоки, образован большой Шимановский остров. Особо большое количество островков образовываются после впадения в Колыму притока Коняевой, поэтому эта территория и получила название Частые острова.
Одним из больших островов является остров образованный протокой Захребетной в районе Нижне-Колымска, общая протяжность этого острова составляет около 115 километров длиной и до 22 километров шириной