При неблагоприятных условиях большинство одноклеточных образуют цисты(временная форма существования микроорганизмов с наличием защитной оболочки).Этот процесс называется инцистирование.
Помимо этого,некоторые простейшие образуют защитную капсулу из органических или неорганических веществ.
Также,многие одноклеточные имеют уплотненный слой цитоплазмы - пелликулу,которая обеспечивает им защиту.