У Плоских червей развиты пищеварительная, выделительная, нервная и половая системы органов.
Пищеварительная система примитивная, начинается ртом, расположенным по средине тела на брюшной стороне. Далее идут глотка и кишечник, который слепо заканчивается (анального отверстия нет). Непереваренные остатки пищи выводятся наружу через рот.
Выделительная система представлена протонефридиями, состоящими из канальцев, начинающихся звёздчатыми клетками с пучками ресничек. Пучки ресничек, колеблясь, создают ток жидкости и направляют её к выделительной поре.
Нервная система состоит из нервных узлов (ганглиев) на передней части тела и нервных стволов, расположенных вдоль тела. Нервные стволы соединены между собой поперечными перемычками. Такой тип нервной системы называют лестничным.
Некоторые плоские черви (свободноживущие) имеют примитивные органы чувств — глаза и статоцисты (органы равновесия).
В организме плоского червя имеются и мужские, и женские органы размножения. Такие животные называются — гермафродиты. Имеются мужские половые железы — семенники и женские — яичники.
В паренхиме расположены многочисленные пузырьки — семенники. От них идут трубчатые семяпроводы. Мужские половые клетки транспортируются с помощью семяпроводов к совокупительному органу. Все это части мужской половой системы.
Женская половая система состоит из парных яичников, от которых к совокупительной сумке отходят трубочки — яйцеводы.
Дыхательная и кровеносная системы отсутствуют. Поглощения кислорода и выделение углекислого газа осуществляется всей поверхностью тела. С целью транспорта питательных веществ к тканям используются многочисленные выросты кишечника.