Арал теңізінің экологиялық проблемасы көптеген зардаптарға ие.
Судағы тұздың концентрациясы 14 есе өсті. Теңіздің бұрынғы түбі-бұл үлкен сортаң, оның бетіндегі тұз жүздеген километрге желмен тарайды және осы жерден алыс орналасқан жердің эрозиясын тудырады.
Судағы концентрация тек тұз ғана емес, сонымен қатар улы заттар да артты. Бұл көлде кәсіптік балық аулау өлді — 1980 жылдан бері ол өмір сүруді тоқтатты. Бұрын мұнда 32 түрлі балықтар бар. Тарих таңқаларлық фактілер белгілі: азаматтық соғыс жылдарында осы өлкелерде кептірілген балықпен көмір жетпеген бу таситын қазандар жанып кетті.