Людовик II Немецкий продолжал угрожать Великой Моравии, заключив союз с болгарами. Стремясь к максимально возможной независимости от восточно-франкского короля, Ростислав изгнал из Великой Моравии баварских священников и отправил послов в Рим с просьбой к папе Николаю I прислать учителей для подготовки собственных священников. Получив отказ папы, Ростислав в 862 году отправил послов в Византию к императору Михаилу III, прося об учителях, священниках или епископе, которые бы заложили в его государстве основу собственного церковного управления. Михаил III удовлетворил эту просьбу Ростислава и послал к мораванам Кирилла и Мефодия. В 864 году Людовик вновь вторгся в Великую Моравию и вынудил Ростислава подчиниться Восточно-Франкскому королевству и допустить возвращение восточно-франкских священников. Однако годом позже Ростислав вновь восстал против Людовика и миссия Кирилла и Мефодия продолжилась. Пробыв в Моравии по 866 год, они организовали независимую от германского епископата славянскую церковь, что способствовало укреплению политической самостоятельности государства. После этого их вызвали в Рим. Там многие считали богослужение на национальных языках «варварских» народов Европы святотатством, однако Папа одобрил миссию Кирилла и Мефодия.