Расположены между эпителиально-мускульными клетками. Количество у одной особи гидры около 15.000. Эти клетки могут превращаться во все другие клетки тела, кроме эпителиально-мускульных. Каждая промежуточная клетка способна дать и половые, и соматические клетки. Стволовые промежуточные клетки не мигрируют, однако их дифференцирующиеся клетки-потомки способны к быстрым миграциям.